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企业做大做强后往往需要设立分支机构，设立分支机构后相关的申报纳税要注意哪些问题呢?
增值税
● 固定业户的总分支机构不在同一县(市)的，能否由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税?
答：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》(国务院令第538号)第二十二条增值税纳税地点规定：
(一)固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税;经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
根据《财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》(财税〔2012〕9号)规定，固定业户的总分支机构不在同一县(市)，但在同一省(区、市)范围内的，经省(区、市)财政厅(局)、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。省(区、市)财政厅(局)、国家税务局应将审批同意的结果，上报财政部、国家税务总局备案。
企业所得税
● 不具有法人资格的分支机构企业所得税应当如何申报缴纳?
答：根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。”
根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)第二条第一款规定，居民企业在中国境内跨地区(指跨省、自治区、直辖市和计划单列市)设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业，除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。同时根据该公告第四条规定，总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。
● 跨地区经营汇总纳税企业的哪些二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税?
答：根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)第五条规定，以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
(一)不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
(二)上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
(三)新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
(四)当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
(五)汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
●跨地区经营汇总纳税企业上一季度不符合小型微利企业条件，已由分支机构就地预缴分摊税款，本季度按现有规定符合小型微利企业条件，上季度已就地分摊预缴的企业所得税如何处理?
答：汇总纳税企业如果上季度不符合小型微利企业条件，本季度符合条件，其总机构和二级分支机构多预缴的税款，根据《国家税务总局关于实施小型微利企业普惠性所得税减免政策有关问题的公告》(国家税务总局公告2019年第2号)规定，可在以后季度应预缴的企业所得税税款中抵减。
●跨地区经营汇总纳税企业的分支机构，使用什么申报表进行纳税申报?
答：根据《国家税务总局关于发布<中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类)>的公告》(国家税务总局公告2021年第3号)第二条规定，执行《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的跨地区经营汇总纳税企业的分支机构，使用《中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类)》进行月度、季度预缴申报和年度汇算清缴申报。
● 跨地区经营汇总纳税企业如何办理汇算清缴手续?
答：根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)第十条规定，汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。
汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款少于全年应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内由总、分机构分别结清应缴的企业所得税税款;预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税。
印花税
● 跨地区经营的分支机构，其营业账簿应如何贴花?
答：根据《国家税务局关于印花税若干具体问题的规定》((1988)国税地字第25号)规定，跨地区经营的分支机构使用的营业账簿，应由各分支机构在其所在地缴纳印花税。对上级单位核拨资金的分支机构，其记载资金的账簿按核拨的账面资金数额计税贴花，其他账簿按定额贴花;对上级单位不核拨资金的分支机构，只就其他账簿按定额贴花。为避免对同一资金重复计税贴花，上级单位记载资金的账簿，应按扣除拨给下属机构资金数额后的其余部分计税贴花。
